A történet négy teknősről szól, akik igazából eredetileg úgy lettek mutánsteknősök, hogy belepottyantak a csatornába és réjuk ömlött egy laboratóriumi anyag, és nemcsak réjuk, hanem egy patkányra, Szecskára is ráömlött, és kezdődött el rajtuk a mutáció. A szer hatására napról napra egyre jobban hasonlítani fognak az emberekre, de még akkor is teknősök maradnak. Szecska a reneszánsz négy nagy mesteréről nevezte el őket: Leonardo, Donatello, Raphaello és Michelangelo. De mint minden furcsában, ebben is van valami rossz: a Zúzó el akarja őket pusztítani. Eközben megismerkednek Casey Johnson - nal, és April O'Neil - lel, és jó barátok lesznek, d megismerkednek új ellenségekkel: a Vörös sárkányokkal, és más ellenfelekkel.

Röviden ennyi a történet, remélem meg lehet érteni, mert nem nagyon vagyok valami jó fogalmazásban. XD